شورای مرکزی به عنوان بالاترین مرجع تصمیم‌گیری سازمان متشکل از هفده نفر اعضای انتخابی و انتصابی به شرح زیر است
1- رئیس یا نماینده تام‌الاختیار سازمان دامپزشکی کشور.
2- رئیس یا نماینده تام‌الاختیار موسسه تحقیقات واکسن و سرم‌سازی رازی.
3- یک نفر از دامپزشکان با معرفی وزیر جهاد سازندگی به عنوان نماینده ایشان.
4- یک نفر از دامپزشکان عضو هیات علمی با معرفی وزیر فرهنگ و آموزش عالی به عنوان نماینده ایشان.
5- یک نفر از دامپزشکان خبره شاغل در وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی با معرفی وزیر بهداشت، درمان و آموزش پزشکی به عنوان نماینده‌ایشان.
6- یک نفر از دامپزشکان خبره شاغل در نیروهای مسلح با معرفی وزیر دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح به عنوان نماینده ایشان.
7- یک نفر از دامپزشکان خبره شاغل در سازمان حفاظت محیط زیست با معرفی رئیس سازمان حفاظت محیط زیست به عنوان نماینده ایشان.
8- نه نفر از دامپزشکان صاحب نظر در رشته‌های مختلف علوم دامپزشکی به انتخاب اکثریت آرای مجمع نمایندگان شوراهای استانی به عنوان اعضای‌اصلی و چهار نفر به عنوان اعضای علی‌البدل.
9- یک نفر از دامپزشکان با تجربه شاغل در وزارت کشاورزی با معرفی وزیر.
تبصره 1 - دو نفر از نه نفر فوق می‌توانند به انتخاب اکثریت نسبی آراء از سایر رده‌های حرفه دامپزشکی باشند.
تبصره 2 - معرفی اعضای انتصابی ظرف مدت یک ماه پس از لازم‌الاجرا شدن این قانون صورت می‌گیرد.
تبصره 3 - نحوه تشکیل و وظایف مجمع عمومی عادی و فوق‌العاده و همچنین ضوابط و چگونگی انتخاب اعضای موضوع بند (8) این ماده‌توسط شورای مرکزی تهیه و به تصویب هیات وزیران می‌رسد.
تبصره 4 - دوره فعالیت شورای مرکزی چهارسال است و انتخاب مجدد اعضای شورای مرکزی برای دوره‌های بعدی مجاز است.
وظایف شورای مرکزی عبارت است از:
1 - تهیه و تصویب دستورالعملهای مربوط به مقررات اداری، مالی، تشکیلاتی، اجرایی و سایر دستورالعملهای مورد نیاز در محدوده این قانون.
2 - تصویب برنامه‌ها و طرحهای سازمان.
3 - صلح و سازش در دعاوی یا ارجاع امر به داوری و تعیین داور با حق صلح و سازش یا بدون آن.
4 - پیشنهاد اصلاح یا تغییر قانون سازمان از طریق وزیر جهاد سازندگی، برای طی تشریفات قانونی.
5 - نظارت بر کار شوراهای استانی.
6 - تهیه و تصویب آئین‌نامه تشکیل کمیته‌های تخصصی دامپزشکی و سایر رده‌های حرفه دامپزشکی.
7 - تعیین حدود وظایف نایب رئیس، خزانه‌دار و دبیر شورا و نظارت بر عملکرد آنان.
8 - همکاری با مراکز تحقیقاتی، علمی و آموزشی و ارائه مشورتهای لازم در زمینه تهیه مواد درسی و محتوای آموزش دامپزشکی در سطوح مختلف به‌وزارتخانه‌های ذیربط.
9 - اتخاذ تصمیم در مورد چگونگی مشارکت در برگزاری گردهمائیهای تخصصی مربوط مانند سمینارها، کنفرانسها و کنگره‌ها در داخل کشور و در‌سطح بین‌المللی.
10 - اتخاذ تصمیم در مورد چگونگی همکاری در برگزاری آزمونهای جامع حرفه‌ای- دکترای عمومی و تخصصی دامپزشکی - و آزمونهای تکمیلی با‌مراجع ذیربط درصورت درخواست آنها.
11 - اتخاذ تصمیم در مورد چگونگی همکاری با دستگاههای اجرائی در زمینه مسائل صنفی و حرفه‌ای.